Η συγγενής σκολίωση δεν είναι κληρονομική αλλά δημιουργείται εξ΄αιτίας ανωμαλιών των σπονδύλων κατά την διάρκεια της κύησης.
Μπορεί να οφείλεται σε ατελή σχηματισμό τους, όπως για παράδειγμα οι ημισπόνδυλοι ή στον ατελή διαχωρισμό τους, μπλοκ σπονδύλων ετερόπλευρα.
Ανάλογα τον εντοπισμό τους, το είδος της συγγενούς ανωμαλίας και τον αριθμό τους δημιουργούν μεγάλες ή μικρές ασυμμετρίες στην σπονδυλική στήλη.
Ο αριθμός των ανώμαλων σπονδύλων, η εντόπισή τους καθώς και η δυνατότητά τους να αναπτυχθούν, καθορίζουν πόσο σοβαρή θα είναι η συγγενής σκολίωση.